การแยกชั้นปฐม ต่อไปเป็นการอธิบายการแยกระหว่างสังสาระและนิพพานจากต้นกำเนิดคือ " มูลฐาน "
จากมุมมองด้านปัญญาต่อมูลฐานนี้ สาระของมันคือความว่าง ธรรมชาติ ของมันคือการตืู่้นรู้ และสองสิ่งนี้แยกจากกันไม่ได้ ประกอบเป็นการระลึกรู้ เพราะเป็นเหตุแห่งความเป็นพุทธะและองค์สำคัญแห่งมรรคจึงเรียกอีกอย่าง หนึ่งว่า " มูลฐานแห่งการกระทำทั้งปวง " " ตถาคตครรภ์ " " ธรรมกายแห่ง การรู้แจ้งในตนเอง " " ญาณแห่งปัญญา " " พุทธะในใจเธอ " และอื่น ๆ การจำแนกชื่อแก่ลักษณะด้านนิพพานเหล่านี้ล้วนมีความหมายเหมือนกัน ลักษณะทางด้านปัญญาเหล่านี้ควรสำเหนียกรู้ด้วยตนเองทุก ๆ คนที่ปฏิบัติ เพื่ออริยมรรค เนื่องจากความเขลาต่อสิ่งนี้ เธอไม่ตระหนักรู้แก่นแท้ของเธอเอง ไม่รู้ ภาวะตามธรรมชาติของเธอเอง เมื่อเป็นอย่างนี้เธอมืดมัวต่อภาวะของเธอ เรียกว่า
" ความเขลาเกิดร่วม " หรือ
" ความมืดแต่เบื้องบรรพกาล " เพราะ มันเป็นพื้นฐานที่วุ่นวายและความหลงผิดต่าง ๆ เกิดขึ้น จึงเรียกอีกชื่อ หนึ่งว่า
" มูลฐานแห่งอนุสัย " ดังนั้น มันจึงเป็นมูลฐานแห่งความสับสน ของสรรพสัตว์
" ตันตระประตูแห่งการรู้แจ้ง " ( openness of realization tantra ) กล่าวว่า
" เนื่องจากการตระหนักรู้ไม่ได้เกิดขึ้นจากมูลฐานนี้
ความไม่ตื่นรู้อย่างสมบูรณ์แห่งจิต
คือมูลฐานแหางความเขลาและความสับสน "
สิ่งที่เกิดร่วมกับความเขลาคือ ทิฏฐิ ๗ เนื่องจากความหลง เช่นภวตัณหา
จากความเขลาเกิดร่วม เป็นบ่อเกิดแห่งอุปทานในตนเองและการระบุ ตัวตน จากตนเองนำไปสู่การมีอุปาทานใน " ผู้อื่น " เมื่อไม่รู้ว่าการแสดง ออกเช่นนี้เพื่อวัตถุประสงค์ใด ( การแสดงความเป็นบุคคล ) ตนก็ไป ยึดถือราวกับเป็นวัตถุภายนอกอย่างหนึ่ง การสับสนเพราะยังไม่รู้ธรรมชาติ ของอุปาทานในผู้รับรู้และสิ่งถูกรู้ เรียกว่า " ความเขลาแห่งมโนคติ " หรือ " มโนวิญญาณ " เป็นปฏิกิริยาการเข้าใจระหว่าง วัตถุและจิต ว่าแบ่งแยกต่างหากจากกัน และเป็นบ่อเกิดแห่งทิฏฐิ ๔o อันเกิดจากตัณหา เช่น อุปาทาน
จากการแสดงออกของมโนวิญญาณ อนุสัยและความสับสนหลายอย่าง เกิดขึ้นและแผ่ขยาย โดยกระบวนการปฏิจจสมุปบาท เช่น กระแสแห่ง กรรม และความไม่รู้ในอาลยะ ทำให้ กาย จิต ถูกปรุงแต่งอย่างสมบูรณ์ วิญญาณทั้งห้า สัญญาห้า เป็นปฏิจจสมุปปันธรรม
ปราณใหญ่ทั้ง ๕ และปราณย่อยทั้ง ๕ กลายเป็นพาหะแห่งสังขารเช่นนี้ โดยความเคยชินจะเกิดความยึดถือด้วยความสับสน การปรากฏตัวของเธอ จะเป็นเหมือนกับโลกและผู้อยู่อาศัย จากพื้นฐานนี้ทุกสิ่งทุกอย่างก็ถูกปรุง แต่งขึ้น เรียกอีกชื่อว่า จิตที่เศร้าหมอง มันเป็นกระแสที่ไหลผ่านอายตนะ ทั้ง ๕ ทำให้เกิดความยึดมั่นถือมั่นและอื่น ๆ จึงเรียกอีกชื่อว่า " วิญญาณ ๕ " สิ่งที่เกิดร่วมคือทิฏฐิ ๓๒ อันเกิดจากโทสะ เช่น วิภวตัณหา และอื่น ๆ
ในวิถีทางนี้ " มูลฐานแห่งอนุสัย " เป็นเสมือนรากเหง้า และอนุทิฏฐิ ๘o เป็นเสมือนกิ่งก้าน ก็เติบโตอย่างช้า ๆ และความสับสนก็ต่อเนื่อง โดยวิถี ทางนี้เธอเดินทางเวียนว่ายในวัฏฏะอย่างไม่มีที่สิ้นสุด นี่เป็นหนทางแห่ง ความสับสนของสรรพสัตว์ผู้ยังไม่ตื่น
เพราะความสับสนนี้ แนวโน้มสู่สังสาระและนิพพานยังคงอยู่ใน " มูลฐาน " ในลักษณะของ " พีชะ " วัตถุที่หยาบทั้งปวง นาฑีทั้งบริสุทธิ์และไม่บริสุทธิ์ ปราณะ และพินธุแห่งกายภายใน ตลอดจนถึงปรากฏการณ์ทั้งปวงแห่งสังสาระ และนิพพาน โลกและสรรพสัตว์แห่งภพทั้งสาม ปรากฏออกมาภายนอกใน ลักษณะที่ผูกพันกันและกัน เหมือนกับวัตถุในความฝัน เป็นมายาปรากฏเพียง ผิวเผิน ไม่มีจริง เพราะความเคยชินที่จะยึดมั่นถือมั่นว่าเที่ยงแท้ รวบยอดและ ยึดฉวยว่าเป็นจริงแท้ เธอประสบกับความยินดียินร้ายแห่งภพทั้งสามและภูมิ ทั้งหก เธอหมุนวนไปในกระแสแห่งเหตุและผลของสังสาระ ลักษณะของ สรรพสัตว์ล้วนเป็นเช่นนี้